Projekty a granty
Databáze všech projektů a grantů od roku 2010
| Zvýšení senzitivity stanovení zbytkové měřitelné nemoci u pacientů s akutní myeloidní leukemií pomocí NGS (sekvenování nové generace) analýzou frekvence mutací v subpopulaci CD34+ buněk. | |
|---|---|
| Id projektu | SGS04/LF/2025 |
| Hlavní řešitel | MUDr. Barbora Dluhošová |
| Období | 1/2025 - 12/2025 |
| Poskytovatel | Specifický VŠ výzkum |
| Stav | řešený |
| Anotace | Sledování měřitelné zbytkové nemoci (MRD) u akutní myeloidní leukemie (AML) má zásadní význam pro prognózu, volbu léčby, časné zjištění relapsu a indikaci alogenní transplantace krvetvorby. Vzhledem k heterogenitě AML je doporučeno při sledování MRD kombinovat techniky průtokové cytometrie a molekulární genetiky. Přibližně u třetiny pacientů s AML se vyskytují mutace, které jsou detekovatelné a sledovatelné pouze pomocí NGS. Teoreticky sice lze pomocí NGS detekovat mutace s citlivostí 10E-4 až 10E-6, ale v praxi jsou limity senzitivity NGS nižší a jsou dány vstupním množstvím materiálu, způsobem přípravy knihovny a druhem sekvenační technologie. Většina klinických platforem NGS má dolní mez detekce (LOD) 2-5 %. Pro sledování MRD je přitom nutná senzitivita minimálně 0,01 % (10E-4). Obecně existují pro zvýšení senzitivity NGS dva přístupy, amplikonové skvenování a target enrichment. Oba přístupy následně vyžadují dostatečnou hloubku sekvenování, což výrazně navyšuje náklady. Požadované senzitivity pro sledování MRD (10E-4; 0,01 %) lze u AML dosáhnout i jinak, protože blasty AML exprimují antigen CD34. NGS analýza subpopulace CD34+ buněk kostní dřeně by měla zvýšit senzitivitu o 2 řády, protože v remisi je ve dřeni okolo 1 % CD34+ buněk. Cílem navržené práce je ověření a následná standardizace postupu detekce MRD pomocí NGS u pacientů s AML v subpopulaci CD34+ buněk vyselektované z aspirátu kostní dřeně technikou MACS (MAgnetic Cell Separation). Pokud využijeme senzitivitu NGS při LoD 0,1 % v kombinaci se vstupním materiálem získaným ze separovaných CD34+ buněk, dojde ke zvýšení senzitivity NGS minimálně na 10E-4. Tento postup umožní dosáhnout požadované senzitivity s minimálním navýšením nákladů. |
